มัสยิดเก่าแก่ มีมาตั้งแต่สมัยกรุงศรีอยุธยา สร้างขึ้นในปลายสมัยสมเด็จพระนารายณ์มหาราช เมื่อพ.ศ.๒๒๓๑ โดย เจ้าพระยาราชวังสันเสนีย์ (ม๊ะหมูด) เดิมเรียกกันว่า “กุฎีใหญ่”

รูปแบบสถาปัตยกรรมของมัสยิดต้นสนช่วงสมัยอยุธยามีลักษณะเป็นเรือนไม้สักยกพื้น ฝาขัดแตะ หลังคาโค้งครึ่งวงกลมมุงกระเบื้อง หน้าจั่วมีลักษณะคล้ายศาลาการเปรียญ ในปี พ.ศ.๒๓๕๘ รัชสมัยพระบาทสมเด็จพระพุทธเลิศหล้านภาลัย ได้บูรณปฏิสังขรณ์มัสยิดขึ้นใหม่เป็นอาคารก่ออิฐถือปูน มีลักษณะการผสมผสานกันระหว่างสถาปัตยกรรมไทยกับสถาปัตยกรรมตะวันตกและอิสลาม ต่อมาในปี พ.ศ.๒๓๕๙อาคารหลังเดิมได้ทรุดตัวลง จึงได้สร้างมัสยิดขึ้นใหม่ให้มีลักษณะเป็นยอดโดม และมีมุขยื่นออกมาด้านหน้าของอาคาร โดยยังคงเป็นเรือนหน้าจั่วแบบของเดิม ผนังก่ออิฐมอญ กรอบประตูหน้าต่างตกแต่งบัวปูน ส่วนกรอบประตูด้านหน้าตกแต่งด้วยบัวหินขัดสีขาว ปัจจุบันอาคารมัสยิดต้นสนมีโครงสร้างคอนกรีตเสริมเหล็ก มีประตูหน้าต่างโดยรอบ หลังคาแบ่งเป็น ๒ส่วน คือส่วนห้องโถงด้านในเป็นทรงจั่ว ส่วนโถงทางเข้าด้านหน้าเป็นหลังคาแบน มีลูกกรงรายรอบ เน้นทางเข้ารูปโดมด้วยทรงกระบอกยอดแหลม

ภายในมัสยิดต้นสนยังมีโบราณวัตถุที่สำคัญ ได้แก่ แผ่นกระดานไม้สักจำหลักลวดลาย “มิห์รอบ”หรือเครื่องกำหนดชุมทิศ คัมภีร์อัล-กุรอาน โคมไฟทองเหลืองทรงเหลี่ยมประดับ “ไม้นิฌาน” หรือ “ไม้ปักหลุมศพพระยาจุฬาราชมนตรี(สิน)”

นอกจากนี้ในส่วนที่เรียกว่า“สุสาน”หรือ“กุบู๊ร” ภายในมัสยิดต้นสนยังเป็นสถานที่สำคัญทางประวัติศาสตร์ของชุมชน เพราะเป็นสถานที่ฝั่งศพของบรรดาบรรพชนมุสลิมที่มีความสำคัญต่อประวัติศาสตร์สังคมไทยจำนวนมาก เช่น เจ้าพระยาจักรีศรีองค์รักษ์(หมุด) ผู้ร่วมกอบกู้แผ่นดินในสมัยสมเด็จพระเจ้าตากสินมหาราช,พระยาราชบังสัน(ฉิม)แม่ทัพเรือในสมัยรัชกาลที่ ๓,หลวงโกชาอิสหาก(นาโคดาลี)ผู้ปฏิสังขรณ์มัสยิดต้นสนสมัย พ.ศ.๒๔๙๗ เป็นต้น