โบราณสถานหมายเลข 3 หรือเจดีย์หมายเลข 3 ข้ามคูเมืองทางทิศเหนือก็จะพบเจดีย์หมายเลข 3 เป็นกองอิฐขนาดใหญ่อยู่ในเมือง มีร่องรอยของกระเบื้องที่แตกหักมาจากภาชนะดินเผากระจัดกระจายไปทั่วบนผิวดินในบริเวณใกล้เคียง แสดงให้เห็นถึงการตั้งชุมชนในสมัยโบราณ บริเวณรอบสถูปเจดีย์องค์นี้ เจดีย์หมายเลข 3 เป็นส่วนหนึ่งของเมืองโบราณอู่ทอง ตั้งอยู่ใจกลางอำเภออู่ทอง จังหวัดสุพรรณบุรี ซึ่งเป็นเมืองโบราณรูปวงกลม รุ่นแรก ๆ บนแผ่นดินสุวรรณภูมิ มีอายุอยู่ในราว 1,7000 จนถึง 1,000 ปีที่แล้ว เมืองโบราณอู่ทอง เริ่มกลายมาเป็นเมืองรูปวงกลม ในราว 1200 ปีที่แล้ว โดยการขุดคูเมือง ผันน้ำจากแม่น้ำจระเข้สามพันมาใช้เป็นน้ำล้อมรอบเมือง นำดินที่ขุดขึ้นไปถมเป็นคันดินกำแพงเมือง เมื่อประมาณ 5,000 ที่แล้วมีชุมชนก่อนประวัติศาสตร์ตั้งถิ่นฐานกระจัดกระจายไปทั่วตามลำน้ำ แม่น้ำจระเข้สามพันเคยเชื่อมต่อออกทะเลโบราณได้ และบริเวณเมืองอู่ทองก็เป็นชัยภูมิที่เหมาะสมกับการตั้งถิ่นฐาน ชุมนมก่อนประวัติศาสตร์เริ่มหนาแน่น ปรากฏหลักฐานเป็นแหล่งโบราณคดีที่ฝังศพ มากมายไม่ต่ำกว่า 200 แห่ง รอบ ๆ เมืองอู่ทองและตามเส้นทางน้ำจระเข้สามพัน