สร้างขึ้นในสมัยรัชกาลที่ 4 ราวปี 2414-2415 โดยหลวงพ่อสิงห์ เจ้าอาวาสวัดยาง มีอายุราว 150 ปี เป็นลักษณะเจดีย์ไม้สิบสอง พระบาทสมเด็จพระจุลจอมเกล้าเจ้าอยู่หัว รัชกาลที่ 5 เคยเสด็จทรงนมัสการเจดีย์กลางน้ำองค์นี้ คราวเสด็จประพาสเมืองสุพรรณบุรีเมื่อวันที่ 19 ตุลาคม พ.ศ. 2451และตั้งพลับพลาที่ตำบลบ้านกร่าง เดิมเจดีย์นี้เป็นของวัดยางตั้งอยู่กลางน้ำสุพรรณบุรี ระหว่างวัดบ้านกร่างและวัดยาง ต่อมากระแสน้ำเปลี่ยนทิศจึงเป็นเหตุให้เจดีย์กลางน้ำมาอยู่ฝั่งวัดบ้านกร่าง เจ้าอาวาสวัดทั้งสองมีไมตรีต่อกันจึงโอนให้เป็นของวัดบ้านกร่าง