ชื่อดั้งเดิมของขนมหม้อแกง ในสมัยเริ่มแรกนั้น เรียกว่า ขนมกุมภมาศ หรือ ขนมหม้อทอง มาจากคำว่า “กุมภ”แปลว่า หม้อ “มาศ”แปลว่า ทอง ดังนั้น ขนมกุมภมาศ จึงแปลได้ว่า ขนมหม้อทอง ซึ่งสันนิษฐานว่าตั้งชื่อมาจากหม้อที่ใช้ทำขนม ประกอบกับเนื้อขนมมีสีเหลืองทองจึงเรียกให้มงคลว่า ขนมกุมภมาศ หรือ ขนมหม้อทอง นอกจากนั้น คำว่าทองยังสันนิษฐานว่าเป็นชื่อเรียกสั้นๆที่มาจากผู้คิดค้นขนมชนิดนี้ คือ ท้าวทองกีบม้า

ขนมหม้อแกงหรือเดิมเรียกขนมหม้อทอง สันนิษฐานว่า น่าจะเริ่มทำครั้งแรกในสมัยสมเด็จพระนารายณ์ โดยชาวต่างชาติที่ชื่อ คุณท้าวทองกีบม้า หรือ มารีกีมาร์ เป็นผู้คิดค้น และริเริ่มทำ พร้อมกับถ่ายทอดให้คนไทยในสมัยนั้นด้วย ส่วนแหล่งทำขนมหม้อแกงนั้น คนส่วนหนึ่งที่ท้าวทองกีบม้าได้อุปการะไว้จะเป็นลูกหลานของเมืองเพชร หลังจากนั้น จึงได้นำสูตรการทำมาประยุกต์ทำที่บ้านตนเอง โดยเปลี่ยนจากน้ำตาลทั่วไปที่เดิมอาจใช้น้ำตาลปี๊บเปลี่ยนเป็นน้ำตาลโตนด ซึ่งช่วยเพิ่มรสหวานและมีกลิ่นหอมมากขึ้น และอร่อยกว่าขนมหม้อแกงในจังหวัดอื่น จึงเป็นที่ยอมรับกันมาจนถึงปัจจุบัน