โบสถ์คอนเซ็ปชัญ เป็นโบสถ์โรมันคาทอลิกที่เก่าแก่ที่สุดในกรุงเทพฯ สันนิษฐานว่าสร้างขึ้นในสมัยอยุธยา ในสมเด็จพระนารายณ์ฯ มีชาวโปรตุเกสเข้ามาทำการค้าขายใน กรุงศรีอยุธยาเป็นจำนวนมาก นอกจากค้าขายแล้ว บางคนได้รับราชการทั้งฝ่ายทหารและพลเรือน ชาวโปรตุเกสที่รับราชการฝ่ายทหารได้ทำการรบ มีความชอบหลายครั้งหลายคราว เป็นเหตุให้สมเด็จพระนารายณ์ฯ โปรดปรานมาก จึงทรงพระราชทานที่ดินริมแม่น้ำเจ้าพระยาให้แปลงหนึ่งเพื่อเป็นที่สร้างโบสถ์ในปี ค.ศ. 1674 (พ.ศ.2217) นำโดยพระสังฆราชหลุยส์ ลาโน และได้ตั้งชื่อว่า โบสถ์คอนเซ็ปชัญ (llimaculee conception) มีความหมายว่า “วัดแม่พระผู้ปฏิสนธินิรมน” ซึ่งมีชาวโปรตุเกสหลายครอบครัวได้เดินทางมาจากกรุงศรีอยุธยา เพื่อมาตั้งถิ่นฐานที่ชุมชนริมน้ำเจ้าพระยาย่านสามเสนนี้ด้วย

ครั้นเมื่อพระบาทสมเด็จพระพุทธยอดฟ้าจุฬาโลก รัชกาลที่ 1 ได้สถาปนกรุงเทพมหานครเป็นราชธานีแล้ว ได้โปรดให้ชาวเขมร 500 คน ที่หลบหนีลี้ภัยมาจากเขมร มาอยู่รวมกับชาวโปรตุเกสในหมู่บ้านนี้ และเหล่าคริสตังโปรตุเกสที่อพยพมาภายหลังได้นำรูปแม่พระแกะสลักไม้มาด้วย จึงเป็นที่นับถือสักการะของโบสถ์และได้อัญเชิญแห่ในโอกาสวันฉลองต่างๆ

ในระหว่าง ค.ศ. 1828-1843 (พ.ศ. 2371 - 2386 ) ท่านบาทหลวงฌอง บัปติสต์ ปัลเลอกัว ได้มาเป็นเจ้าอธิการโบสถ์คอนเซ็ปชัญ ท่านได้พยายามทะนุ บำรุงโบสถ์คอนเซ็ปชัญให้เจริญมากขึ้น โดยท่าน ได้เรียบเรียงพจนานุกรม 4 ภาษา คือ ฝรั่งเศส อังกฤษ ลาติน และภาษาไทย ขึ้นเล่มหนึ่ง เป็นหนังสือขนาดใหญ่และยังร้อยกรองเรื่องอื่นๆ เป็นหนังสือสำคัญไว้อีกหลายเรื่อง และในสมัยท่านได้มี การสร้างโบสถ์ใหม่ซึ่งเป็นโบสถ์ที่ตั้งอยู่ปัจจุบัน สร้างเสร็จใน ค.ศ.1938 (พ.ศ. 2481)

ปัจจุบันพิธีมิสซาที่โบสถ์แห่งนี้ยังมีการสวดภาษาลาติน ซึ่งเป็นบทสวดโบราณที่ยังคงใช้กันอยู่ ในเวลา 06.00 น. ทุกวันอาทิตย์เท่านั้น