เป็นศาสนสถานสำหรับประกอบศาสนกิจของชาวไทยพุทธในชุมชน วัดพุทธภูมิ เดิมชื่อ วัดนิบง ซึ่งพระรัฐกิจวิจารณ์ (สวาสดิ์ ณ นคร) ได้จับจองทีดินบริเวณด้านหลังสถานีรถไฟ เป็นที่ดินรกร้างว่างเปล่า ต่อมามีประชาชนมาอาศัยอยู่มากขึ้น ทำให้มีการิเริ่มสร้างวัดโดยนายรักษ์ อินทร์ศวร และได้ไปนิมนต์พระดำ จนทสโร มาจากวัดเวฬุวัน สร้างศาลาพักสำหรับพระสงฆ์ขึ้น 1 หลัง ต่อมาจึงได้หาที่สร้างวัดโดยนายยับ พัดกองชิน ได้ขายที่ดินให้ขุนขจรโจรแสยง (หลวงอนุกูล ประชากิจ) ผู้แทนชาวพุทธ เพื่อสร้างวัด เมื่อปีพุทธศักราช 2471 แล้วได้นิมนต์พระดำมาจำพรรษา และเรียกชื่อวัดนี้ว่า สำนักพุทธภูมิ ต่อมาได้มีผู้ซื้อที่ดินถวายเพิ่มขึ้นอีก ได้รับวิสุงคามสีมา เมื่อปีพุทธศักราช 2475 ส่วนชื่อวัดนั้นพระธรรมวโรดม (เซ่ง อุตตมมหาเถร) สมัยดำรงตำแหน่งเจ้าคณะมณฑลนครศรีธรรมราชและภูเก็ต เป็นผู้ตั้งชื่อให้ว่า วัดพุทธภูมิ เพื่อเป็นิมิตแก่ชาวพุทธในหมู่บ้านนิบง อำเภอเมืองยะลา และเพื่อเป็นศุภมงคลแก่พระภูมิพิชัย ข้าหลวงประจำจังหวัดยะลาในสมัยนั้นด้วย ได้รับยกฐานะเป็นพระอารามหลวงเมื่อปีพุทธศักราช 2523
วัดนี้ได้รับอนุญาตให้เป็นสำนักสงฆ์ เมื่อเดือนเมษายน พุทธศักราช ๒๔๗๔ โดยได้พระดำ จนฺทสโร มาปกครองอยู่ ๓ ปี แต่ประชาชนเห็นว่าไม่เจริญ้าวหน้าจึ่งได้ติดต่อขอพระมาเป็นเจ้าอาวาส จะพระเทพญาณโมลี วัดตานีนรสโมสร เจ้าคณะจังหวัด ปัตตานี ยะลา นราธิวาส ( สมัยนั้น ) เพราะทางคณะสงฆ์ยังไม่ยกจังหวัดยะลาเป็นจังหวัด คงมีเพียงเจ้าคณะแขวง
พุทธศักราช ๒๔๗๗ พระเทพญาณโมลี ได้จัดส่งพระมหาศรีชมฺมจารี ป.ธ.๕ น.ธ.เอก มาอยู่วัดพุทธภูมิ ต่อมาได้ตั้งให้เป็นเจ้าคณะเจ้าตำบลยุโป พระมหาศรีปกครองวัดพุทธภูมิอยู่ ๓ ปี จึงได้ลาสิกขาไปหลังจากพระมหาศรี ลาสิกขาไปแล้วได้พระทองแก้วรับภาระดูแลต่อมาพร้อมด้วยภิกษุอีก ๓ รูป คือ พระร่วง พระปราบประทุษฐผ่ายสชฺโช และพระร่วง
ต่อมาเดือนมิถุนายน ๒๔๘๑ ทางราชการและคณะสงฆ์ต้องการให้มีเจ้าคณะปกครองวัดอยู่ในท้องถิ่นพระธรรมวโรดม เจ้าคณะมณฑลนครศรีธรรมราช - ภูเก็ต ได้มอบหมายให้พระอมรมุณี (ปลอดอตฺถการี) ป.ธ.๙ วัดราชาธิวาส สั่งการแทนเจ้คณะมณฑลเดินทางมายังจังหวัดยะลาเพื่อเลือกเฟ้นผู้เข้าดำรงตำแหน่งเจ้าคณะแขวง ให้อยู่ประจำท้องถิ่นแต่หาผู้เหมาะสมในสมัยนั้นไม่ได้
ต่อมาวันที่ ๑๖ มิถุนายน ๒๔๘๑ จึงสั่งให้ พระมหาเลี่ยน ปญฺญวุโธ ป.ธ. ๕ น.ธ.เอก ซึ่งเป็นครูสอนบาลี อยู่ที่วัดมุจลินทวาปีวิหาร อำเภอตุยง (หนองจิกปัจจุบัน) จังหวัดปัตตานี ให้เดินทางมารับตำแหน่งเป็นผู้รั้งเจ้าคณะแขวงสะเตง
๑๒ กรกฎาคม ๒๔๘๑ ได้รับแต่งตั้งเป็นผู้รั้งตำแหน่งเจ้าคณะแขวงสะเตง (อำเภอเมืองยะลาปัจจุบัน) แต่พระมหาเลี่ยนก็ยังเดินทางไปสอนภาษาบาลี ป.ธ.๓ ที่วัดมุจลินทวาปีวิหาร อีก ๑ พรรษา จากนั้นก็นำนักเรียนบาลี ป.ธ.๓ มาสอนที่วัดพุทธภูมิ เมื่อส่งนักเรียนเข้าสอบสนามหลวงแล้ว ก็ลาออกจากตำแหน่งครูสอนบาลี ที่วัดมุจลินทวาปีวิหาร เพื่อบริหารและปกครองดูแลวัดพุทธภูมิได้อย่างเต็มที่
๒๒ ธันวาคม ๒๔๘๒ ได้รับพระราชทานวิสุงคามสีมา
๑๗ เมษายน ๒๕๒๓ ทรงพระกรุณาโปรดเกล้าฯ ให้ยกวัดพุทธภูมิเป็นพระอารารามหลวงชั้นตรีชนิดสามัญ

เจ้าอาวาส พระครูวรพุทธาภิรักษ์