วัดโขดหินได้เริ่มก่อสร้างเป็นที่พักสงฆ์เมื่อ พ.ศ.2486 กระทรวงศึกษาธิการได้ประกาศตั้งเป็นวัดเมื่อวันที่ 9 เดือนเมษายน 2512 ให้ชื่อว่า วัดโขดหิน ซึ่งมีนามเดิมว่า วัดโขดหินปักษีคีรีราม เป็นชื่อที่ชาวบ้านเรียกกันมาตั้งแต่เริ่มสร้าง เพราะตั่งอยู่ ณ บ้านโขดหิน ได้ลงมือก่อสร้างเป็นที่พักสงฆ์เมื่อ พ.ศ. 2486 และชาวบ้านโขดหินได้ร่วมกันพัฒนาและบูรณะวัดตลอดมา ผู้สูงอายุเล่ากันต่อ ๆ มาว่าเคยมีวัดตั้งอยู่ติดถนนสุขุมวิท ทางทิศใต้ตรงข้ามวัด ปัจจุบันติดกับหนองน้ำและทุ่งนา แต่ก็ไม่ไม่มีผู้ใดทราบว่าเคยเป็นวัดมาตั้งแต่เมื่อไร และหลักฐานต่าง ๆ เกี่ยวกับการสร้างวัดก็ไม่ปรากฏ จึงยึดถือเป็นหลักฐานที่แท้จริงไม่ได้ ปัจจุบันนี้เป็นที่ทำประโยชน์ของชาวบ้านอยู่ ได้รีบอนุญาตสร้างวัดเมื่อ พ.ศ. 2492 ได้รับพระราชทานวิสุงคามสีมาเมื่อ วันที่ 11 เดือนกุมภาพันธ์ พ.ศ. 2517