มูลนิธิเพื่อศูนย์กลางอิสลามแห่งประเทศไทยก่อตั้งเมื่อประมาณปี พ.ศ. 2494 โดยชาวไทยมุสลิม ซึ่งนับถือศาสนาอิสลามได้รวมตัวกันเพื่อจัดสร้างสถานที่เพื่อประกอบกิจการทางด้านศาสนาและพิธีกรรมตามหลักความเชื่อถือของตนซึ่งเป็นสิทธิตามบทบัญญัติของรัฐธรรมนูญแห่งราชอาณาจักรไทยและมุ่งหวังที่จะให้ได้มีสถานที่อันเป็นศูนย์รวมของประชากรไทยผู้นับถือศาสนาอิสลามขึ้น เพื่อสร้างความเป็นปึกแผ่นและความมั่นคงของศาสนาอิสลามในประเทศไทย

ซึ่งมีวิสัยทัศน์ในการเป็นศูนย์กลางแห่งการเรียนรู้และเสริมสร้างความเข้าใจอิสลาม รวมทั้งยังเป็นศูนย์รวมในการดำเนินกิจกรรม เพื่อการพัฒนาคุณภาพชีวิต นอกจากนี้ยังเป็นศูนย์ประสานความร่วมมือขององค์การพัฒนาเอกชนมุสลิม และองค์การศาสนิกชนต่างๆ ในการพัฒนาสังคมไทย

โดยมีภารกิจมากมายทั้งการดูแลอาคารมัสยิด ห้องประชุม ปรับปรุงภูมิทัศน์ให้อยู่ในสภาพเรียบร้อยสวยงามให้พร้อมใช้ประกอบกิจกรรมทางศาสนาและวัฒนธรรมของประชาคมมุสลิมอยู่เสมอและจัดกิจกรรมด้านสาธารณะประโยชน์เป็นประจำ นอกจากนี้มูลนิธิยังได้จัดกิจกรรมวิชาการสังคมด้านต่างๆอย่างครบถ้วน เช่นประสานสัมพันธ์กับองค์กรมุสลิมในต่างประเทศ การจัดการต้อนรับคณะทูตานุทูตประเทศมุสลิมในประเทศไทยและชาวมุสลิมจากต่างประเทศซึ่งมีการร่วมมือด้านวัฒนธรรมกับมุสลิมเหล่านั้นด้วย

ภายในมูลนิธิเพื่อศูนย์กลางอิสลามแห่งประเทศไทยยังมีห้องสมุดประชาชนซึ่งเกิดจากความร่วมมือกับกรุงเทพมหานครในการจัดสร้าง เพื่อให้บริการในด้านความรู้ ข่าวสารการค้นคว้าข้อมูลอีกด้วย

นอกจากนี้ตัวอาคารของมัสยิดมูลนิธิเพื่อศูนย์กลางอิสลามแห่งประเทศไทย ยังมีจุดเด่นทางด้านสถาปัตยกรรมที่ทรงคุณค่าแตกต่างจากมัสยิดอื่นๆ โดยเป็นมัสยิดที่ไม่มีโดม ออกแบบให้มีลักษณะหลังคาของตัวอาคารเป็นหกเลี่ยมด้านเท่า คล้ายกับรังผึ้งโดยยึดหลักการออกแบบให้เกิดความงดงามจากโครงสร้างของตัวเองโดยไม่มีสิ่งใดมาตกแต่ง สร้างเอกลักษณ์เฉพาะตัวที่ยังคงอยู่ภายใต้เอกลักษณ์ของมัสยิดแบบเก่าไว้ได้เป็นอย่างดี