บ้านนาหนุนเป็นหมู่บ้านเก่าแก่ เมื่อประมาณ ๖๐๐ ปีกว่า ลุ่มแม่น้ำยาวมีบริเวณกลางน้ำมีก้อนผา ชาวบ้านเรียกว่า “ผาหนุน “ ต่อมามีการตั้งถิ่นฐาน ทำมาหากินบริเวณลุ่มแม่น้ำยาว ตั้งชื่อหมู่บ้านเป็นบ้านป่าคา หรือ บ้านดง ส่วนหนึ่งก็ตั้งเป็นบ้านเรือน ส่วนหนึ่งก็เป็นพื้นที่ทำการเกษตร ต่อมามีจำนวนประชากรมากขึ้น จึงจัดตั้งหมู่บ้านขึ้นใหม่ชื่อว่า บ้านนาหนุน ตำบลริม อำเภอปัว ในหมู่บ้านมีแม่น้ำยาวไหลผ่าน การติดต่อสัญจรก็สะดวก

ในปี พ.ศ. ๒๕๐๖ จึงแบ่งออกเป็น ๒ หมู่บ้าน คือ บ้านนาหนุน ๑ อยู่ทางด้านทิศตะวันตกของแม่น้ำยาว และบ้านนาหนุน ๒ อยู่ด้านทิศตะวันออกของแม่น้ำยาว และต่อมาได้แบ่งตำบล บ้านนาหนุน ๑ อยู่ตำบลแสนทอง บ้านนาหนุน ๒ อยู่ในเขตตำบลผาตอ อยู่มาหลายปี บ้านนาหนุน ๒ มีประชากรมากขึ้น ต่อมาในปี ๒๕๔๑ จึงได้แบ่งบ้านนาหนุน ๒ ออกเป็น ๒ หมู่บ้าน คือ บ้านนาหนุน ๓ หมู่ ๗ ตำบลผาตอ จนถึงปัจจุบัน

อาณาเขต

ทิศเหนือ ติดกับ บ้านวังทอง หมู่ ๑

ทิศใต้ ติดกับ บ้านนาหนุน ๒

ทิศตะวันออก ติดกับ แม่น้ำน่าน

ทิศตะวันตก ติดกับ แม่น้ำยาว