พิพิธภัณฑสถานแห่งชาติ เรือพระราชพิธี เดิมเป็นอู่หรือโรงเก็บเรือพระราชพิธี อยู่ในความดูแลของสำนักพระราชวังและกองทัพเรือ เมื่อคราวเกิดสงครามโลกครั้งที่ 2 อู่และเรือพระราชพิธีบางส่วนถูกระเบิดได้รับความเสียหาย และในปี พ.ศ. 2490 สำนักพระราชวังและกองทัพเรือได้มอบให้กรมศิลปากรทำการซ่อมแซมดูแลรักษาบรรดาเรือต่างๆ ที่ใช้ในพระราชพิธีเหล่านี้ เรือพระราชพิธีเป็นเรือที่มีประวัติสำคัญมาแต่โบราณ ที่ยังคงมีความสวยงามในฝีมือช่างอันล้ำเลิศ และทรงคุณค่าในงานศิลปกรรม ประการสำคัญ ยังสามารถนำมาใช้ในการพระราชพิธีต่างๆ สืบเนื่องมาจนถึงปัจจุบันนี้

กรมศิลปากรเล็งเห็นความสำคัญ จึงได้ขึ้นทะเบียนเรือพระที่นั่งต่างๆ ไว้เป็นมรดกของชาติ พร้อมทั้งยกฐานะของอู่เก็บเรือขึ้นเป็นพิพิธภัณฑสถานแห่งชาติ เรือพระราชพิธี เมื่อปี พ.ศ. 2517

โบราณวัตถุที่สำคัญเช่น เรือเอนกชาติ เรืออนันตนาคราช เรือเอกชัยเหินหาว เรือสุพรรณหงส์ ลวดลายไม้จำหลักของเรือ พระที่นั่งอนันตนาคราช ฯลฯ