จากผลการศึกษาพบว่า โคกพนมดี เคยเป็นที่ตั้งชุมชนโบราณที่สามารถสร้างเครื่องมือหิน(ขวานหินขัด หินลับ หินบด ค้อนหิน หินกรวดสำหรับขัดผิว ภาชนะและกำไลหิน) เครื่องมือที่ทำจากกระดูกสัตว์ เช่น ฉมวก เครื่องมือที่ทำจากหอย เช่น มีด สิ่ว เครื่องประดับที่ทำจากเปลือกหอย และภาชนะดินเผาแบบ เชือกทาบ เป็นชุมชนที่อพยพ และเปลี่ยนแปลงมาจากสังคมแบบดั้งเดิม ซึ่งมักอาศัยอยู่ในที่สูง ดำรงชีวิตด้วยการล่าสัตว์และแสวงหาอาหารจากธรรมชาติ ต่อมาอพยพลงมาอยู่ที่โคกพนมดี ซึ่งในครั้งนั้นเป็นพื้นที่ชายฝั่งทะเลที่อุดมสมบูรณ์ด้วยทรัพยากรธรรมชาติทั้งจากป่าและทะเล มีผู้เสนอข้อคิดเห็นว่า เนินดินแห่งนี้เป็น Shell Mound สมัยก่อนประวัติศาสตร์ขนาดใหญ่ที่สุดแห่งหนึ่งในเอเชียอาคเนย์ ต่อมาผู้คนเหล่านั้นก็เริ่มพัฒนาการดำรงชีวิตด้วยการเพาะปลูกแบบเริ่มแรก ควบคู่กันไปกับการแสวงหาอาหารจากทะเล และล่าสัตว์

แหล่งโบราณคดีโคกพนมดี ได้รับการอ้างถึงเป็นครั้งแรกในปี พ.ศ. ๒๔๘๓ เป็นเนินดินขนาดใหญ่ ลักษณะคล้ายเกาะที่ตั้งอยู่ในที่ราบลุ่ม มีรูปร่างค่อนข้างกลม เส้นผ่าศูนย์กลางประมาณ ๒๓๐ เมตร มีพื้นที่ประมาณ ๒๘ ไร่ จุดสูงสุดจากพื้นที่โดยรอบประมาณ ๑๒ เมตร ตั้งห่างจากแม่น้ำบางปะกง ๘ กิโลเมตรและห่างจากแนวชายฝั่งทะเลด้านอ่าวไทยประมาณ ๒๒ กิโลเมตร บนเนินดินปกคลุมด้วยไม้ยืนต้นและไม้พุ่มค่อนข้างหนาแน่น ปัจจุบันเป็นที่ตั้งบ้านเรือนของราษฏรหมู่ที่ ๓ บ้านโคกพนมดี พื้นที่โดยรอบเป็นที่ราบลุ่ม ใช้ประโยชน์ในการทำนาข้าว ทางด้านทิศใต้ห่างออกไป ๗ กิโลเมตรเป็นเนินเขาฟิลไลด์ชื่อ เขาคีรีรมย์ แหล่งน้ำในบริเวณนี้ นอกจากแม่น้ำบางปะกงแล้ว ยังมีลำน้ำเก่าไหลจากเขตอำเภอพนมสารคาม จังหวัดฉะเชิงเทรา ลงสู่แม่น้ำบางปะกง ในเขตอำเภอบ้านโพธิ์