ในอดีตวัดบางแคน้อยตั้งอยู่ในทำเลที่ค่อนข้างกันดาร ไม่มีหมู่บ้าน และมีวัดใกล้เคียงอยู่หลายวัดสภาพของวัดเกิดการทรุดโทรมลง ชาวบ้านจึงนิมนต์พระภิกษุเขียว ฐิติสฺสโร จากวัดบางแคใหญ่มาเป็นเจ้าอาวาส ท่านจึงได้มาสร้างศาลาการเปรียญ และอุโบสถหลังใหม่ (หลังที่ ๓) แทนหลังเดิม ซึ่งผุผัง เมื่อ พ.ศ. ๒๔๘๔ เสร็จปี พ.ศ. ๒๔๙๐ หลวงพ่อเขียวเป็นผู้มีความรู้ด้านวิทยาคมใช้คาถา และสมุนไพร ในการรักษาโรค ยาหอมหลวงพ่อเขียวมีสรรพคุณเป็นเลิศใช้ได้ดีมาจนถึงทุกวันนี้ ไม่มีพิษภัย เมื่อหลวงพ่อพระอธิการเขียว เจ้าอาวาสองค์ที่ ๖ มรณภาพ พ.ศ. ๒๕๐๓ พระครูสมุทรนันทคุณ (หลวงพ่อแพร) ได้รับแต่งตั้งเป็นเจ้าอาวาสได้พัฒนาวัดต่อจาก พระอธิการเขียวจนกระทั่ง พ.ศ. ๒๕๔๐ อุโบสถหลังที่ ๓ เกิดชำรุดทรุดโทรมลงอีก เนื่องจากวัสดุที่ใช้ด้อยคุณภาพ เพราะเป็นปูนสมัยสงครามโลกครั้งที่ ๒ พระครูสมุทรนันทคุณ (แพร นนฺโท) เจ้าอาวาสองค์ที่ ๗ จึงได้ดำเนินการสร้างอุโบสถหลังใหม่ขึ้น วัดนี้ได้รับวิสุงคามสีมาเป็นทางราชการ เมื่อวันที่ ๑๖ พฤษภาคม ๒๕๔๐

สิ่งสำคัญของวัด ได้แก่

๑. พระประธานในอุโบสถ เป็นพระพุทธรูปเก่าคู่มากับวัด ศิลปะช่างจีน

๒. อุโบสถหลังใหม่ หลังเดียวในประเทศไทย ผนังอุโบสถ ซ้ายและขวาแกะสลักด้วยไม้สักทองแกะสลักที่ถูกเจียระไนเรื่องราวของพุทธประวัติ ทั้งการประสูติ ตรัสรู้ ปรินิพพานและทศชาติชาดก เป็นภาพสามมิติฝีมือช่างแกะสลักจากเพชรบุรีซึ่งมีชื่อเสียงทางด้านนี้มาก ภาพพุทธประวัติผนังด้านในอุโบสถเป็นศิลปะไม้ฝังไม้ คือการฝังไม้โมกมันลงในไม้สักซึ่งรับทอดจากสีครีมลงสู่ไม้สักสีน้ำตาลสวยงามหาดูได้ยาก นอกจากนั้นพื้นของอุโบสถยังปูด้วยไม้ตะเคียนแผ่นใหญ่จำนวน ๗ แผ่น ขนาดหนา ๒ นิ้ว ใหญ่ (กว้าง)๓๙ – ๔๐ นิ้ว ซึ่งหาไม่ได้ในปัจจุบันฝาผนังพื้นเป็นไม้แกะสลักหนา 3 นิ้วแกะสลักเป็นรูปคนสัตว์ต้นไม้ และแกะเสริมรวมหนาถึง 6 นิ้วฝาผนังด้านตรงข้ามพระประธานเป็นไม้แกะสลักรูปปางชนะมาร ฝาผนังด้านซ้ายขวาของพระประธานเป็นไม้แกะสลักรูปพระเจ้าสิบชาติ ฝาผนังด้านหลังพระประธานเป็นไม้แกะสลักการประสูติตรัสรู้นิพพาน ฝาผนังใต้ธรณีหน้าต่าง 2 ข้างแกะสลักฝังด้วยไม้โมกมันรูปพระเวสสันดร จั่วด้านหน้าและหลังเป็นไม้แกะสลักด้านข้างทั้งสองเป็นคูหาหลงรักปิดทองคันทวยเป็นไม้ลงรักปิดทอง