จากพงศาวดารเมืองยโสธรลงจารึกเมื่อจุลศักราช 1259 ร.ศ. 116 ว่า พระวรวงศา (พระวอ) เสนาบดีเก่าเมืองเวียงจันทน์ ท้าวหน้า ท้าวคำผง ท้าวทิดพรม และท้าวมุม เดินทางอพยพจะไปอาศัยอยู่กับเจ้านครจำปาศักดิ์ เมื่อเดินทางถึงดงผีสิงห์เห็นเป็นชัยภูมิ จึงได้ตั้งหลักฐานและสร้างเมืองที่นี่ เรียกว่า "บ้านสิงห์ท่า" ซึ่งเป็นที่ตั้งจังหวัดยโสธรในปัจจุบัน ต่อมาใน พ.ศ. 2357 พระบาทสมเด็จพระพุทธเลิศหล้านภาลัยทรงยกฐานะเป็น "เมืองยโสธร" ขึ้นตรงต่อกรุงเทพมหานคร มีเจ้าเมืองเป็นพระสุนทรราชวงศา จนกระทั่งในปี พ.ศ. 2443 ได้รวมเข้าอยู่ในบริเวณอุบลราชธานี แล้วแบ่งเป็น 2 อำเภอ เรียกอำเภออุทัยยโสธรและ อำเภอปจิมยโสธร ปี พ.ศ. 2450 เมืองยโสธรถูกยุบลงเพื่อรวมกับจังหวัดอุบลราชธานี

ต่อมาในปี พ.ศ. 2453 ทางการได้ย้ายอำเภออุทัยยโสธรไปตั้งที่ตำบลลุมพุก และภายหลังเปลี่ยนชื่อเป็นอำเภอคำเขื่อนแก้ว ส่วนอำเภอปจิมยโสธรซึ่งตั้งอำเภออยู่ในเมืองต่อมาเปลี่ยนชื่อเป็น อำเภอยโสธร ในปี พ.ศ. 2456

เมื่อวันที่ ๑๖ พฤศจิกายน ๒๔๙๘ พระบาทสมเด็จพระเจ้าอยู่หัวฯ และสมเด็จพระนางเจ้าฯ พระบรมราชินีนาถทรงเสด็จพระราชดำเนินเยี่ยมราษฎร ณ ที่ว่าการอำเภอยโสธร จังหวัดอุบลราชธานี ดังนั้น อำเภอเมืองยโสธร จึงได้สร้างสัญลักษณ์แห่งสถานที่เสด็จพระราชดำเนินไปทรงปฏิบัติพระราชกรณียกิจ เพื่อบำบัดทุกข์ บำรุงสุข แก่ประชาชนเพื่อแสดงถึงความสำนึกในพระมหากรุณาธิคุณของพระบาทสมเด็จ พระเจ้าอยู่หัวฯ และสมเด็จพระนางเจ้าฯ พระบรมราชินีนาถ ที่มีต่อพสกนิกรอำเภอเมืองยโสธร และจังหวัดยโสธร ในปี พ.ศ. 2515 ได้มีการจัดตั้งจังหวัดยโสธรโดยประกาศคณะปฏิวัติฉบับที่ 70 ลงวันที่ 6 กุมภาพันธ์ โดยแยกอำเภอยโสธร อำเภอคำเขื่อนแก้ว อำเภอมหาชนะชัย อำเภอป่าติ้ว อำเภอเลิงนกทา และอำเภอกุดชุมออกจากจังหวัดอุบลราชธานี เพื่อรวมกันเป็นจังหวัดยโสธรตั้งแต่วันที่ 1 มีนาคม พ.ศ. 2515 และเป็นกำเนิด อำเภอเมืองยโสธร ในปัจจุบัน