ประวัติความเป็นมาวัดกระโดงทอง ตั้งอยู่เลขที่ ๑ บ้านปลายนา หมู่ที่ ๗ ตำบลบ้านโพธิ์ อำเภอเสนา จังหวัดพระนครศรีอยุยา เป็นวัดเก่าแก่วัดหนึ่งสร้างเมื่อ พ.ศ. ๒๔๐๐ ซึ่งหลวงพ่อมี จันทรัศมี เป็นเจ้าอาวาส ได้สร้างพระปรางค์ขึ้นเมื่อ พ.ศ. ๒๔๔๓ และได้นิมนต์พระพุทธเกษร (ซึ่งปั้นด้วยเกษรดอกไม้ผสมกับรัก) ของวัดเจ้าเจ็ดในไปประดิษฐานที่พระปรางค์วัดกระโดงทอง

เมื่อปี พ.ศ. ๒๔๔๔ หลวงพ่อบุญมีได้สร้างพระปรางค์ขึ้นอีกงค์หนึ่งที่วัดเจ้าเจ็ดใน แล้วนิมนต์หลวงพ่อพระพุทธเกษร(องค์พี่) ที่วัดกระโดงทองกลับคืนไปประดิษฐานในพระปรางค์วัดเจ้าเจ็ดในดังเดิม ซึ่งการนิมนต์หลวงพ่อพระพุทธเกษรกลับวัดเจ้าเจ็ดในนั้นจะไปทางเรือ ได้มีการจัดขบวนเรือแห่รับไปประดิษฐาน ณ วัดเจ้าเจ็ดใน และต่อมาเมื่อปี พ.ศ. ๒๔๔๔ หลวงพ่อบุญมีได้สร้างพระพุทธ เกษรขึ้นมาใหม่อีกองค์หนึ่ง(องค์น้อง) ซึ่งจะประดิษฐานไว้ในพระปรางค์วัดกระโดงทอง นับแต่นั้นมาทางวัดได้จัดงานแห่พระพุทธเกษรเป็นประจำทุกปี แต่ปัจจุบันนี้ เนื่องจากการคมนาคมทางเรือไม่สะดวก ทางวัดกระโดงทองจึงจัดเป็นขบวนรถแห่ไปเยี่ยมองค์พี่ที่วัดเจ้าเจ็ดในและให้ประชาชนตามบ้านได้นมัสการ

ในอดีตงานประเพณีแห่พระจะมีวัด ๒ วัด จัดงานแห่พระพุทธเกษร คือ วัดกระโดงทองจัดงานแห่พระ ขึ้น ๒ ค่ำ เดือน ๑๒ และวัดเจ้าเจ็ดในจะจัดงานแห่พระในวันขึ้น ๔ ค่ำ เดือน ๑๒ นับเป็นงานประเพณีสืบต่อมาเป็นประจำทุก ๆ ปีตลอดมา