ตำบลคลองมะพลับในสมัยพระบาทสมเด็จพระจุลจอมเกล้าเจ้าอยู่หัว รัชกาลที่ ๕ มีการสร้างทางรถไฟสายสวรรคโลก ถึงชุมทางบ้านดารา จังหวัดอุตรดิตถ์ เมื่อ พ.ศ.๒๔๔๓ ผ่านมาในหมู่บ้านคลองพับ คลองอุดตัน ตรงใกล้หน้าวัดราษฎร์ศรัทธาธรรมปัจจุบัน และตั้งสถานีรถไฟขึ้นหนึ่งแห่ง ให้ชื่อว่า "สถานีคลองมะพลับ" ซึ่งเป็นชื่อต้นไม้ชนิดหนึ่ง แต่ชื่อว่า "คลองมะพลับ" นี้เนื่องมาจากคลองยมที่ผ่านบริเวณหลังสถานีมีสภาพที่คดไปคดมา จนแทบไม่รู้ว่ามันไหลมาจากทางทิศเหนือ คือทางบ้านเหมืองมายังตลาด และไหลไปทางตะวันตก ถึงหลังสถานีรถไฟ พับย้อนขึ้นไปทางเหนือถึงหนองขุดหล่ม แล้วย้อนลงใต้ผ่านทางตะวันตกของวัดคลองมะพลับ(วัดราษร์ศรัทธาธรรมในปัจจุบัน)หรือเรียกคลองยมนี้ตามภาษาชาวบ้านว่า”คลองพับ" มาเปลี่ยนภายหลังการสร้างทางรถไฟเป็น "คลองปรับ" และ “คลองมะพลับ” ตามลำดับ การตั้งชื่อตำบลคลองมะพลับ จึงน่าจะมีความหมาย ที่มีลำคลองพับไป พับมา ตามหลักฐานที่ยังมีอยู่ คือ ลำคลองที่อยู่ในตำบลนี้ ครั้นต่อมาเมื่อต้องทำถนนซึ่งต้องผ่านทางทิศใต้ของวัด จึงมีการปรับแนวและถมคลองให้ตันแทนการสร้างสะพานข้ามคลองนี้จึงเรียกว่าคลองอุด และคลองนี้จะไหลไปรวมกับคลองน้ำไหล "ตำบลคลองมะพลับ" จึงเป็นตำบลหนึ่งของ อำเภอศรีนคร และอยู่ในเขตนิคมสหกรณ์หนองบัว และ นิคมสหกรณ์สวรรคโลก เดิมพื้นที่ตำบลคลองมะพลับขึ้นอยู่กับ ตำบลศรีนคร แล้วได้รับการจัดตั้งเป็นตำบลเมื่อปี พ.ศ.๒๕๒๔ “ตำบลคลองมะพลับ" อยู่ทางทิศใต้ของอำเภอศรีนครประมาณ ๓ กิโลเมตร มีเนื้อที่โดย ประมาณ ๒๖,๒๖๕ ตารางกิโลเมตร. หรือประมาณ ๑๕,๗๙๐.๒๕๖ ไร่ สภาพพื้นที่เป็นที่ราบลุ่มเหมาะสมกับการประกอบอาชีพทางการเกษตร และมีลำคลองสำคัญไหลผ่าน ได้แก่ คลองน้ำไหล และคลองแต้ว
ปัจจุบันได้รับการยกฐานะ เป็นองค์การบริหารส่วนตำบลคลองมะพลับ แบ่งการปกครองออกเป็น ๑๐ หมู่บ้าน คือ บ้านนิคมสหกรณ์ หมู่ ๑ บ้านศิริบูรณาราม หมู่ ๒ บ้านทุ่งมหาชัย หมู่ ๓ บ้านบึงพระยอด หมู่ ๔ บ้านบ้านนิคมสหกรณ์ หมู่ ๕ บ้านนิคมสหกรณ์ หมู่ ๖ คลองปูใต้ หมู่ ๗ บ้านคลองมะพลับ หมู่ ๘ บ้านโรตารี่ หมู่ ๙ บ้านสายใจไทย หมู่ ๑๐