บ้านบัวทองใต้ หมู่ที่ ๙ ตำบลบ้านแหร อำเภอธารโต ได้รับการยกฐานะเป็นหมู่บ้านโดยแยกออกจากหมู่ ๒ บ้านบัวทอง เมื่อปี พ.ศ. ๒๕๔๓ประชากรในชุมชนส่วนใหญ่มีภูมิลำเนาในพื้นที่ จังหวัดปัตตานี

คำว่า “บัวทองใต้” เป็นการตั้งชื่อหมู่บ้านตามทิศของหมู่บ้านที่อยู่ทางด้านใต้ของหมู่บ้านบัวทอง (หมู่ที่ ๒ ) เมื่อแยกออกมาจากบ้านบัวทอง จึงตั้งเป็นหมู่บ้านเรียกว่า “บ้านบัวทองใต้”ผู้ก่อตั้ง นายบือราเฮง ดาโอะ ผู้นำชุมชน ในอดีตมีนายสุดิง สาคอเป็นผู้ใหญ่บ้าน มีนายดาโอะ โด เป็นโต๊ะอีหม่าม การตั้งถิ่นฐานบ้านเรือน ชาวบ้านอาศัยจาก จ.ปัตตานี และมาตั้งรากฐานมาทำสวนยาง ส่วนผลไม้ จนถึงปัจจุบัน