สถานีวิทยุเสียงจากทหารเรือสทร.5พัทยาเป็นหน่วยขึ้นตรงกับกองทัพเรือ มีโครงการบริหารงาน ๒ ส่วน ได้แก่ ระดับนโยบาย มีคณะกรรมการบริหารฯ เป็นคณะที่ออกนโยบายการบริหารงานกิจการวิทยุกระจายเสียงให้เกิดความเรียบร้อยและมีประสิทธิภาพ ระดับผู้ปฏิบัติ มีกิจกรรมวิทยุกระจายเสียงทหารเรือ และ ส.ทร.ทั้ง ๑๕ สถานี เป็นหน่วยปฏิบัติงาน โดยมี เจ้ากรมสื่อสารทหารเรือ และเลขานุการ กบว.ทร. เป็น ผู้อำนวยการกิจการวิทยุกระจายเสียงทหารเรือ มีหน.ฝ่ายบริหารทั้วไป หน.ฝ่ายแผน หน.ฝ่ายผลิตรายการ หน.ฝ่ายเทคนิค เป็นผู้ช่วย ทำให้ ส.ทร.ทั้ง ๑๕ สถานีทำงานตามเป้าหมายที่ได้ระบุไว้จาก กบว.ทร.