วัดศรีดอนชัย ตั้งอยู่เลขที่ ๑๘ หมู่ ๘ ต.เวียงเหนือ อ.ปาย จ.แม่ฮ่องสอน สังกัดคณะสงฆ์มหานิกาย เป็นวัดที่มีประวัติศาสตร์ที่ยาวนาน โดยประวัติตามประวัติพงศาวดารกล่าวว่าเป็นวัดแรกของเมืองปาย (อำเภอปาย) โดยสร้างขึ้นเมื่อปีพุทธศักราช ๑๘๕๕ โดยพะก่าหม่องซอได้นำทัพพม่ามาตั้งที่บ้านดอนแห่งนี้ พะก่าหม่องซอ จึงได้สร้างวัดนี้ขึ้นมาเป็นแห่งแรก ชื่อว่าวัดดอนจองใหม่ (หรือวัดใหญ่) โดยการสร้างครั้งแรกนั้นได้สร้างกุฎิ (หรือจองแบบไทใหญ่) ให้เป็นที่บำเพ็ญกุศลของเหล่าทัพ และประชาชนในสมัยนั้น โดยได้นิมนต์พระพม่า ไทใหญ่ จากแสนหวี หนองฮี เมื่องปั่น ลางเคอ เมืองนาย มาจำพรรษาอบรมชาวบ้านและกองทัพในสมัยนั้น

จนมาถึงสมัยพะก่ากั่นนะ และพะก่าส่างกง วัดนี้ยังเป็นวัดของไทใหญ่อยู่ ต่อมาถึงพุทธศักราช ๒๐๒๐สมัยพระเจ้าติโลกราช กษัตริย์ผู้ครองนครนพบุรีศรีนครพิงค์เชียงใหม่ ได้มีพระราชบัญชาให้เจ้ามหาศรีไจยา หรือเจ้าศรีไจย์ ซึ่งเป็นราชบุตรของพระเจ้าเสนะภู เป็นหลานของพระเจ้าครามและเป็นเหลนของพระเจ้ามังรายมหาราช ได้นำช้างพลายเผือก ๒ เชือก ชื่อช้างพลายเผือกเฒ่ามงคล และช้างพลายแก้วมงคล พร้อมเหล่าเสนาทหารยกทัพมาจากนครนพบุรีศรีนครพิงค์เชียงใหม่ เพื่อมาตีเมืองแห่งนี้จากพะก่ากั่นนะและพะก่าส่างกง และได้รับชัยชนะจากการรบในครั้งนั้น

ก่อนที่พะก่ากั่นนะและพะก่าส่างกงจะแพ้ศึกถอยทัพ ได้สั่งให้เผาวัดวาจนมอดไหม้ไปสิ้น การศึกครั้งนั้นได้ทำให้ช้างเผือก ๒ เชือก ของเจ้าศรีไจยา ได้หลุดหนีเข้าป่าไป เสนาอำมาตย์ได้ออกติดตาม ได้ที่ลำห้วยแม่น้ำ และเมื่ออำมาตย์ได้มากราบทูล เจ้ามหาชีวิตศรีไจยา ก็ได้ปรารภว่า แม่น้ำนี้มีชื่อว่าแม่น้ำปาย เหตุคือเรียกชื่อตามพลาย ๒ เชือก (ภาษาเมืองเหนือ ช้างพลาย เรียกกันว่า จ๊างปาย) และเมืองๆนี้จึงได้ชื่อว่า เมืองปาย ตามชื่อแม่น้ำปายมาตราบจนถึงทุกวันนี้

พระเจ้าติโลกราช ได้สถาปนาพระนามใหม่ให้เจ้าศรีใจยาว่าเจ้าชัยสงคราม ให้ดูแลปกครองเมืองปายสืบต่อไป และได้สร้างวัดโดยการสร้างขึ้นใหม่ เมื่อปีพุทธศักกราช ๒๐๒๑ โดยได้ก่อสร้างวิหาร กำแพง กุฏิ และเสนาสนะอื่นๆ และขุดสร้างกำแพงเมือง ประตูเมือง และอัญเชิญอาราธนาพระพุทธสิหิงค์ (พระสิงห์ปาย) จากเมืองนพบุรีศรีนครพิงค์เชียงใหม่มาประดิษ ฐานเป็นพระคู่บ้านคู่เมืองอยู่ประจำที่วัดแห่งนี้ในปีนั้นด้วย รวมทั้งได้อาราธนาพระวชิรปัญญามหาเถร วัดมหาโพธาราม (เจ็ดยอด) เชียงใหม่ และพระภิกษุมหาเถระจากเมืองพะเยา เชียงราย อีก ๕ รูป จำพรรษาอบรมศีลธรรมให้กับชาวบ้าน โดยได้ตั้งชื่อวัดใหม่ว่า วัดศรีดอนชัย
กาลต่อมาปีพุทธศักราช ๒๑๒๔ สมเด็จพระนเรศวรมหาราช เสด็จมาฝึกคุมทหารที่เมืองปาย และเสด็จมานมัสการพระพุทธสิหิงค์ (พระสิงห์ปาย) ประทับแรมที่ปราสาทหอคำเจ้าฟ้าคุ้มเจ้าหลวงเมืองปายแห่งนี้ด้วย
พุทธศักราช ๒๑๕๘ เจ้าหลวงปัญญา ได้มีพระบัญชาให้เจ้าแม่สุนันทา ซึ่งเป็นหลานของพระเจ้าติโลกราช ให้มาปกครองเมืองปาย และได้บูรณะซ่อมแซมวัดศรีดอนชัยและปราสาทหอคำที่เจ้าฟ้าที่ถูกพม่าเผาบาง ส่วน อีกทั้งได้อาราธนาพระภิกษุ-สามเณรจากเวียงเชียงใหม่จำพรรษา สืบมาจนถึงปัจจุบัน