วัดคลองนนทรี เป็นวัดที่รัชกาลที่ 5 เคยเสด็จขึ้นสักการะพระประธานในอุโบสถ โดยตั้งวัดเมื่อปีพ.ศ. 2420 และได้รับพระราชทานวิสุงคามสีมาเมื่อปี 2425 มีพระสมุห์สาคร อคฺคจิตฺโต เป็นเจ้าอาวาส