วัดมะกรูดสร้างขึ้นเป็นวัดตั้งแต่ พ.ศ. ๒๓๘๒ โดยมีพระอธิการไกร สนฺติโก ร่วมกับชาวบ้านมะกรูดจัดสร้าง ได้รับพระราชทานวิสุงคามสีมาเมื่อปี พ.ศ. ๒๔๓๑ เขตวิสุงคามสีมากว้าง ๔๐ เมตร ยาว ๘๐ เมตร ได้ผูกพัทธสีมาในปี พ.ศ. ๒๔๙๓ โดยมีหลวงฤทธิไกร นายอำเภอมะกรูด ขณะนั้น เป็นตัวแทนทางราชการในการตัดลูกนิมิต การบูรณะพัฒนาวัด เจ้าอาวาสทุกรูปได้ดำเนินการสืบต่อมาจนได้รับการยกย่องให้เป็นวัดพัฒนาตัวอย่างประจำอำเภอจากทางราชการ เกี่ยวกับการศึกษา ทางวัดได้เปิดสอนพระปริยัติธรรมตั้งแต่ พ.ศ. ๒๔๙๕ และมีโรงเรียนประถมศึกษาซึ่งอยู่ในความอุปถัมภ์ของทางวัด คือโรงเรียนวัดมะกรูด

เจ้าอาวาสมี ๑๑ รูป คือ

รูปที่ ๑ อธิการไกร สนฺติโก พ.ศ. ๒๓๘๒ – ๒๔๐๐

รูปที่ ๒ พระอธิการคงแก้ว ฆงฺคสฺสโร พ.ศ. ๒๔๐๐ – ๒๔๑๑

รูปที่ ๓ พระอธิการขวัญ สุวณฺโณ พ.ศ. ๒๔๑๒ – ๒๔๒๐

รูปที่ ๔ พระอธิการสีแก้ว อิทฺธิปญฺโญ พ.ศ. ๒๔๒๐ – ๒๔๕๒

รูปที่ ๕ พระอธิการแย้ม โชติธมฺโม พ.ศ. ๒๔๕๓ – ๒๔๖๖

รูปที่ ๖ พระอธิการสิงห์ เขมจิตฺโต พ.ศ. ๒๔๖๗ – ๒๔๗๐

รูปที่ ๗ พระอธิการทอง จนฺทสํวโร พ.ศ. ๒๔๗๑ – ๒๔๘๖

รูปที่ ๘ พระเซี่ยง ธมฺมธโร พ.ศ. ๒๔๘๖

รูปที่ ๙ พระมหาเกลื้อน ถาวรธมฺโม พ.ศ. ๒๔๘๗ – ๒๔๙๑

รูปที่ ๑๐ พระครูอินทอง จนฺทมุนี พ.ศ. ๒๔๙๒ – ๒๕๑๘

รูปที่ ๑๑ พระครูนวการโสภณ ดำรงตำแหน่งตั้งแต่ พ.ศ. ๒๕๑๘ เป็นต้นมา