โรงเรียนสงขลาพัฒนาปัญญา เดิมเป็นศูนย์สงเคราะห์บุคคลปัญญาอ่อนภาคใต้ จังหวัดสงขลา ของมูลนิธิช่วยคนปัญญาอ่อนแห่งประเทศไทย ในพระบรมราชินูปถัมภ์ โดยเปิดเป็นศูนย์ชั่วคราว ณ บ้านเลขที่ 194 ถนนนครใน อำเภอเมือง จังหวัดสงขลา ซึ่งเป็นของ ดร.รัตน์ ประธานราษฎร์นิกร ที่ได้รับอนุญาตให้ใช้ทั้งสถานที่และอุปกรณ์สำนักงานต่างๆ โดยได้ทำพิธีเปิดศูนย์ชั่วคราว ในปีพ.ศ.2529

ในปี พ.ศ. 2530 ได้มีการวางศิลาฤกษ์อาคารถาวรของศูนย์สงเคราะห์บุคคลปัญญาอ่อนภาคใต้ บนเนื้อที่ 10 ไร่ ณ ตำบลพะวง อำเภอเมือง จังหวัดสงขลา โดยตั้งชื่ออาคารหลังแรกของศูนย์ฯ ว่า "อาคารธารน้ำใจใต้ร่มพระบารมี" เมื่อก่อสร้างอาคารและปรับปรุงสถานที่เสร็จ จึงได้ย้ายนักเรียนจากศูนย์ชั่วคราว ไปเรียนที่อาคารถาวรณ์ของศูนย์ฯ ในปี พ.ศ.2531 และในปีเดียวกันก็ได้มีพิธีเปิด "อาคารธารน้ำใจใต้ร่มพระบารมี" อย่างเป็นทางการ โดยมีพลเอกเปรม ติณสูลานนท์ ได้ให้เกียรติมาเป็นประธานในพิธีเปิด

ในปี พ.ศ. 2534 คุณประพันธ์ สาณะเสน คหบดีชาวจังหวัดสงขลา ได้บริจาคเงินก่อสร้างอาคารถาวรเพิ่มเติมให้อีก 1 หลัง ให้ชื่อว่า "อาคารสาณะเสน" และได้ทำพิธีวางศิลาฤกษ์ก่อสร้างอาคารในปีเดียวกัน

ในปี พ.ศ. 2535 ศูนย์สงเคราะห์บุคคลปัญญาอ่อนภาคใต้ ได้ขอจัดตั้งเป็นโรงเรียนเอกชน ประเภทการศึกษาพิเศษ กลุ่ม ก มาตรา 15(3) โดยใช้ชื่อว่า "โรงเรียนสงขลาพัฒนาปัญญา"

ในปี พ.ศ. 2536 ในวโรกาสมหามงคลเฉลิมพระชนมพรรษา ครบ 5 รอบ ของสมเด็จพระนางเจ้าพระบรมราชินีนาถ เพื่อเป็นการเทิดพระเกียรติและน้อมรำลึกในพระมหากรุณาธิคุณขององค์อุปถัมภ์มูลนิธิ คณะกรรมการมูลนิธิฯ และกรรมการของศูนย์ฯ จึงพร้อมใจกันน้อมเกล้าฯ ถวายโรงเรียนสงขลาพัฒนาปัญญา เพื่อเป็นพระราชกุศล และหลังจากที่ได้ทรงรับมอบโรงเรียนสงขลาพัฒนาปัญญาไว้แล้ว ก็ได้ทรงมอบหมายให้กระทรวงศึกษาธิการรับไปดำเนินการจัดการศึกษาเป็นโรงเรียนของรัฐบาล สังกัดกองการศึกษาพิเศษ กรมสามัญศึกษา กระทรวงศึกษาธิการ ซึ่งกระทรวงศึกษาธิการก็ได้ประกาศจัดตั้งเป็นโรงเรียนของรัฐบาล เมื่อวันที่ 1 กรกฎาคม พ.ศ. 2536

ปัจจุบัน โรงเรียนสงขลาพัฒนาปัญญา สังกัดกองการศึกษาเพื่อคนพิการ กรมสามัญศึกษา กระทรวงศึกษาธิการ ตั้งอยู่เลขที่ 439/9 หมู่ที่ 2 เชิงสะพานติณสูลานนท์ ตำบลพะวง อำเภอเมือง จังหวัดสงขลา รหัสไปรษณีย์ 90100 โทรศัพท์ 0-7433-3992 , 0-7433-4375 บนเนื้อที่ 10 ไร่ เป็นโรงเรียนประเภทประจำและไปกลับ รับนักเรียนทั้งหญิงและชายที่มีความบกพร่องทางสติปัญญา ไม่มีความพิการซ้อนอย่างอื่นที่เป็นอุปสรรคต่อการศึกษา มีความพร้อมที่จะเรียนและสามารถช่วยเหลือตนเองได้ อายุระหว่าง 6 - 15 ปี