วัดขนอนเหนือ สร้างเมื่อ พ.ศ.๒๒๐๖ ในอดีตเป็นสถานที่ตั้งด่านเก็บภาษีอากร ชื่อ ด่านคลองห้วยกรด และมีอีกวัดหนึ่งอยู่ตอนใต้มีนามว่า "วัดขนอนใต้" วัดนี้จึงได้นามว่า "วัดขนอนเหนือ" เดิมเรียกว่า "วัดปทุมสังข์ขรขนอนเหนือ" เป็นสถานที่ซึ่งสมเด็จพระนเรศวรมหาราชพระราชทานให้นายประทุม ชาวมอญ ซึ่งเป็นพระสหายที่ติดตามมาจากประเทศพม่าและร่วมในการกู้อิสรภาพ ต่อมาได้รับบรรดาศักดิ์เป็น พระยาสีหราชเดโช และพระสีหราชเดโช ได้สร้างวัดชื่อประทุมสิงขร และได้รับพระราชทานวิสุงคามสีมาเมื่อ พ.ศ.๒๒๒๕ ต่อมาชาวบ้านเรียกว่า วัดขนอนเหนือ สิ่งสำคัญในพระอุโบสถ คือ พระประธาน และพระพุทธฉาย